根据该办法制定的管理体制，将设立自贸试验区各片区管理机构，负责自贸试验区各片区的具体事务。省人民政府有关部门按照各片区管理机构行使省一级管理权限的要求下放管理权限，加强对自贸试验区各片区的协调和指导，支持自贸试验区的各项工作。该办法明确，自贸试验区各片区管理机构组织实施企业准入并联审批，将外商投资项目核准、外商投资企业设立和变更审批（备案）、商事主体设立登记、组织机构代码证、税务登记证（国税、地税）、社保登记号、公章刻制备案等事项纳入一口受理机制实行并联办理，逐步推行工商营业执照、组织机构代码证、税务登记证等多证合一、一照一号。
随着中国（广东）自由贸易试验区挂牌，《中国（广东）自由贸易试验区管理试行办法》也正式施行。根据该办法制定的管理体制，将设立自贸试验区各片区管理机构，负责自贸试验区各片区的具体事务。各片区管理机构职责分别由广州、深圳、珠海市人民政府依照本办法另行规定。省人民政府有关部门按照各片区管理机构行使省一级管理权限的要求下放管理权限，加强对自贸试验区各片区的协调和指导，支持自贸试验区的各项工作。
该办法明确，自贸试验区各片区管理机构组织实施企业准入并联审批，将外商投资项目核准（备案）、外商投资企业设立和变更审批（备案）、商事主体设立登记、组织机构代码证、税务登记证（国税、地税）、社保登记号、公章刻制备案等事项纳入“一口受理”机制实行并联办理，逐步推行工商营业执照、组织机构代码证、税务登记证等“多证合一”、“一照一号”。
该办法提出，自贸试验区实行“先照后证”。区内企业取得营业执照后，即可从事一般生产经营活动；从事需经审批方可开展的生产经营活动，在取得营业执照后，应当依法向有关部门申请并取得批准文件、证件后，方可开展相关生产经营活动。
根据该办法，自贸试验区内的广州南沙保税港区、深圳前海湾保税港区等海关特殊监管区域，实行“一线放开、二线安全高效管住”的进出境监管服务模式，整合优化海关特殊监管区域管理措施，并根据自贸试验区发展需要，探索口岸监管制度创新。
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